Dans le domaine commun de la recherche archéologique, les équipes, lieux où s’élaborent les données, développent des méthodologies et des approches adaptées à leur objet d’étude. Leur activité se caractérise par la diversité des champs d’investigation et des terrains (plus d’une quarantaine de pays à travers les cinq continents), des périodes (du Paléolithique ancien au Moyen-Age) et des approches. Insérées dans des réseaux scientifiques propres, bénéficiant de collaborations indispensables et d’une reconnaissance internationale, elles sont un lieu de formation privilégié pour les doctorants.

 Afrique, sociétés et environnement : resp. Manuel Gutierrez

 Anthropologie des techniques, des espaces et des territoires au Pléistocène (AnTET) : resp. Eric Boëda

 Archéologie de l’Asie centrale, peuplement, milieux et techniques : resp. Corinne Debaine-Francfort

 Archéologie de la Gaule, structures économiques et sociales : resp. Paul Van Ossel

 Archéologie du Monde grec : resp. Françoise Rougemont, Anne-Marie-Guimier-Sorbets, Francis Prost

Archéologie du Monde grec archaïque et classique : resp. Francis Prost
Protohistoire égéenne : resp. Françoise Rougemont
Archéologie du monde grec et systèmes d’information : resp. Anne-Marie Guimier-Sorbets

 Archéologies environnementales : resp. Christophe Petit, Laure Fontana, Philippe Fajon

 Du village à l’Etat au Proche et Moyen Orient (VEPMO) : resp. Pascal Butterlin, Régis Vallet

 ESpace, PRatiques sociales et Images dans les mondes grec et romain (ESPRI) : resp. Agnès Rouveret

 Ethnologie préhistorique : resp. Pierre Bodu, Philippe Chambon, Frédérique Valentin

 Histoire et ARchéologie de l’Orient Cunéiforme (HAROC) : resp. Bertrand Lafont

 Lexicon Iconographicum Mythologiae Classicae (LIMC) : resp. Pascale Linant de Bellefonds

 Archéologie du Proche-Orient hellénistique et romain (APOHR) : resp. Pierre-Marie Blanc

 Textes, Histoire Et Monuments de l’Antiquité au Moyen Age (THEMAM) : resp. Hervé Inglebert